უნივერსიტეტი თანამშრომლობს სხვადასხვა სამედიცინო ცენტრთან. მათ შორის არიან:

• შპს ალექსანდრე ალადაშვილის სახელობის კლინიკა
• შპს თბილისის ბალნეოლოგიური კურორტი
• სს უნივერსალური სამედიცინო ცენტრი
• საქართველოს საპატრიარქოს წმიდა იოაკიმე და ანას სახელობის სამედიცინო ცენტრი
• აკადემიკოს ვახტანგ ბოჭორიშვილის სახელობის კლინიკა
• ფსიქიკური ჯანმრთელობისა და ნარკომანიის პრევენციის ცენტრი
• კანისა და ვენსნეულებათა სამეცნიერო კვლევითი ეროვნული ცენტრი
• შპს “მედი ქლაბ ჯორჯია”
• სსიპ მიხეილ შენგელიას სახელობის ქართული მედიცინის ისტორიის მუზეუმი
• საქართველოს ექიმთა ასოციაცია
• წინამძღვრიშვილის სახელობის კარდიოლოგიის ცენტრი
• ტუბერკულოზისა და ფილტვის დაავადებათა ეროვნული ცენტრი
• "გლობალმედის" პედიატრიული კლინიკა
• შპს "ტესტი-ლაბორატორია"
• შპს "ტესტი-IMP"
• შპს "ჯეოჰოსპიტალსი"
• შპს "დავინჩი"
• შპს "ოქსჯენი"
• ნია ონიაშვილის სამედიცინო კლინიკა შპს "ბაიები"
• შპს ფრანგულ-გერმანული ხუჯაძე-გონიაშვილის ყელ-ყურ-ცხვირის კლინიკა

უნივერსიტეტი თანამშრომლობს შემდეგ უმაღლეს სასწავლო დაწესებულებებთან:

• ხაზარის უნივერსიტეტი
• დავით ტვილდიანის სამედიცინო უნივერსიტეტი
• კავკასიის საერთაშორისო უნივერსიტეტი
• პეტრე შოთაძის სამედიცინო აკადემია
• აღმოსავლეთ ევროპის უნივერსიტეტი